百萨偃麦草染色体1J特异分子标记开发与应用开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

一、本课题的意义百萨偃麦草(thinopyrum bessarabicum lve, 2n=2x=14, jj)具耐盐、耐寒、分蘖多和抗多种病害等优良性状，是小麦遗传品质改良的重要基因资源[1]。

植物染色体工程是通过人工诱导染色体变异或改变染色体遗传方式进行植物改良的技术，利用这种技术，可以有效地转移、利用百萨偃麦草的有利基因，拓宽普通栽培小麦的遗传基础，这是小麦品种改良的重要途径之一[2]。

分子标记（molecular markers），是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是dna水平遗传多态性的直接的反映(资料来源 https://wenku. baidu.com/ view/4b694b5c31b765ce05081498.html)。

2. 研究的基本内容和问题

研究的目标、内容：本研究在南京农业大学李晨旭（2015）的研究基础上，通过rna-seq，获得百萨偃麦草转录组序列，通过百萨偃麦草染色体特异分子标记开发筛选定位在1j染色体上的特异性标记，为以后的研究奠定基础。

主要实验内容为：序列相似性比较鉴定出与小麦第一部分同源群基因同源的序列、然后利用这些序列进行引物设计和扩增分析筛选1j特异分子标记、最后对选育的涉及1j的变异体进行分子标记分析及细胞学鉴定分析。

拟解决的关键问题：利用百萨偃麦草rna-seq序列,通过比较分析开发百萨偃麦草染色体特异分子标记，为准确鉴定小麦-百萨偃麦草1j变异体提供分子标记

3. 研究的方法与方案

1.研究方法（1）实验材料：普通小麦中国春（cs）、百萨偃麦草、中国春-百萨偃麦草双二倍体，易位系dsij（1b），ma1j，dt1js。

（2）实验方法和技术路线 1.序列相似性比较 2.引物设计 3.分子标记分析 4.细胞学鉴定分析（3）分子标记的开发与定位采用本地blast程序，对百萨偃麦草rna-seq与小麦第一部分同源染色体参考序列比较，以此作为筛选百萨偃麦草1j特异ests。

从中随机选取部分序列设计est-pcr引物，以中国春、百萨偃麦草以及中国春-百萨偃麦草双二倍体3个物种的基因组dna作为模版进行扩增分析。

4. 研究创新点

通过百萨偃麦草RNA-seq结合与小麦序列共线性比对开发1J染色体特异分子标记，并用于涉及1J变异体的辅助选择。

5. 研究计划与进展

实验计划于2017年7月-2018年5月这10个月内完成。

2017年7月至12月进行初步的知识储备。

阅读相关文献，学习实验所需的操作技术，学习。